Un homme nommé Shouichi Tsugami a perdu ses souvenirs. Il ne sait pas qui il est, d'où il vient, ou comment il est venu sur ses circonstances particulières. Tsugami, apparemment sans raison, se transforme en un puissant surhumain, Kamen Rider Agito , chaque fois en présence des êtres désignés par la police comme "l' Inconnu ", une race de monstres puissants qui ont causé des meurtres autour de Tokyo, ciblant certaines personnes comme leur proie. En réponse, le département de police déchaîne son arme la plus récente: la combinaison de combat Kamen Rider G3 , développée à l'origine pour lutter contre les «formes de vie non identifiées», les ennemis du n ° 4 ( Kamen Rider Kuuga ). G3 et Agito ne savent pas s'ils doivent redre et vaincre les Inconnus, leur ennemi commun, ou se combattre, gardant les mystères qui les unissent.